不管日本人的战争借口是何等的拙劣，但东南亚战争都因此而正式爆发了。
印尼战役爆发时，日本人在东帝汶建设的军事基地并未完工，但日本人已经等不及了，并且日本人认为自己稳操胜券，因此在开战前给荷兰印尼总督alidius以及荷兰驻印尼陆军司令德尔普顿中将、荷兰驻印尼海军司令杜尔曼少将下达通牒，要求他们“和平地交出印尼”，但遭到断然拒绝。
荷兰驻印尼的军事力量还是很可观的，陆军有85万人，包括1万余荷兰军和75万余从当地招募的印尼籍士兵，海军拥有2艘轻型巡洋舰、6艘驱逐舰、20多艘炮舰炮艇，航空力量有150架飞机，但都是老式的，除此之外，印尼的荷兰军队还得到英国以及澳大利亚的大力支持。印尼与英国殖民地马来亚、文莱完全接壤，并且印尼向南就是澳大利亚了，当初，日本向葡萄牙租界东帝汶并在东帝汶大肆修建军事基地，英国政府和澳大利亚政府自然深感警惕，英国政府虽然更重视本土，但也不愿意轻易地舍弃马来亚和文莱，因此不想看到日本军队在东帝汶立足并进行扩张，澳大利亚政府比英国政府更加警惕，澳大利亚和印尼是不折不扣的唇亡齿寒关系，另外，日本真的吞并印尼，英国受到威胁的只是殖民地，而澳大利亚受到威胁的直接就是本土了，因此澳大利亚政府给荷兰人的援助力度大大地超过英国。印尼战役爆发前，伦敦方面命令马来亚地区英国驻军总司令阿瑟·珀西瓦尔中将向印尼派去援助，珀西瓦尔派去了一个英军步兵旅和两个印度步兵师，同时，澳大利亚军队向印尼派去了三个步兵师和五艘驱逐舰，使得印尼的防御兵力增至13万余人。得到英澳军援兵的印尼荷兰军士气大振，在印尼首府雅加达成立“联军总司令部”，三方同仇敌忾地对付大举杀来的日军。
荷兰人拒绝投降的如此“不识抬举、不识时务、不自量力”强硬态度让东京方面大为恼怒，12月1日中午，日军正式进攻印尼。开战前，日军上下都坚信“印尼就是一串已经熟透的葡萄，只要伸手一碰，就能将其收入囊中”，因此充满了必胜信念和狂妄自大的情绪，结果，日军的轻敌使得日军对印尼的进攻虽然没沦落到像意大利人进攻埃塞俄比亚那样狼狈不堪，但也是结结实实地灰头土脸。在日军主力从日本本土抵达印尼前，东帝汶的日本海军第1陆战旅团得到“展开浅尝辄止的攻击，以试探敌军虚实”的命令，该旅团上下因为立功心切、利令智昏，打算完成“一个旅团征服整个印尼”的壮举，因此没打算等后续主力抵达，甚至夸下海口“后续主力抵达印尼前，我旅团已经完成任务，为帝国开拓了印尼新领土”“杀鸡焉用宰牛刀，根本不需后续主力大军参战，只靠我旅团就绰绰有余了”，该旅团完全把“试探性攻击”变成了强攻，并且直接就进攻印尼核心所在的爪哇岛，意图“登陆爪哇岛，直捣黄龙，攻占雅加达，向天皇陛下送去喜讯捷报”，结果…日军在此战中确实拥有着空中优势，但并不完全拥有海上优势，因为日本海军为防止荷兰军队先发制人、不宣而战，偷袭日军的东帝汶基地，继而会造成重大损失，所以只在东帝汶驻扎了一支驱逐舰队，开战后，满载着一万余日军官兵的日军驱逐舰队从东帝汶出发，浩浩荡荡地扑向爪哇岛，半路上遭到荷澳“联合舰队”的拦截，双方拼得两败俱伤，都战沉好了几艘军舰，但日军的人员死伤更大，因为日军舰队里都是日军官兵，在被打沉了两艘运输舰船后，上千名日军犹如下饺子般落入大海，淹死了七八百，好不容易靠着鱼雷优势打跑了荷澳舰队后，日军第1陆战旅团勉强在爪哇岛东部沿海登陆，刚上岸就遭到四五万荷澳英联军的迎头痛击，日军苦战一下午，死伤三千多，眼看联军早有准备，己方无法向内陆纵深突破，日军不得不在天黑后趁着夜色掩护重新上船，狼狈不堪地逃回了东帝汶。
接到败报后的日军南方军总司令官寺内寿一大将勃然大怒，要不是那个旅团长是日本海军的人，他早就亲自将其枪毙处死了，随即，寺内大将下令全军重新部署，最终确定了“先夺取并巩固制海权和制空权，再展开陆战”的作战方针。12月2日上午，日本海军与荷澳联合舰队爆发爪哇海战役，激战一个白天，日本海军以1艘驱逐舰战沉、2艘运输船、3艘巡逻船战沉的较小代价几乎全歼荷澳联合舰队，基本上取得了印尼战场的制海权，在这同时，日本海军的赤城号、加贺号、苍龙号、飞龙号、翔鹤号、瑞鹤号航母齐齐抵达，又获得印尼战场的制空权，联军被迫退入印尼主要岛屿内陆进行抵抗，有部分英军和澳大利亚军在夜间乘船逃往马来亚、文莱、澳大利亚。
从12月3日开始，日军陆战部队和地面部队开始源源不断地对印尼主要岛屿展开登陆，累计共有7个海军陆战旅团（这也是日本海军所有的陆战部队，此时集体出动，自然是为了通过实战进行练兵）和2个陆军野战师团，总兵力高达13万，战争天平急剧地倒向了日军。
12月25日，持续25天的印尼战役以日军大获全胜而结束，除了少数荷兰军队、澳大利亚军队、英军在印尼几个主要岛屿内陆的山林里坚持抵抗外，日军基本全面占领整个印尼，顺势又横扫了巴步新几内亚，一举夺得超过230万平方公里的新领土。此战，日